Desde el punto de vista de la defensa de los derechos de los ciudadanos, podríamos decir que los antecedentes más lejanos de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) se encuentran en el siglo XIX, con la promulgación de la Ley de Procuraduría de Pobres de 1847 que promovió don Ponciano Arriaga en el estado de San Luis Potosí. Pero es hasta la segunda mitad del siglo XX, y como consecuencia de una enfática demanda social en el ámbito nacional y de las transformaciones en la esfera internacional, que comienzan a surgir diversos órganos públicos que tienen como finalidad proteger los derechos de los gobernados frente al poder público.

Así, en 1975 se creó la Procuraduría Federal del Consumidor, teniendo como finalidad la defensa de los derechos de los individuos, pero no necesariamente frente al poder público. Asimismo, el 3 de enero de 1979 se instituyó la Dirección para la Defensa de los Derechos Humanos en el estado de Nuevo León, por instrucciones de su entonces Gobernador, doctor Pedro G. Zorrilla. Posteriormente, en 1983, el ayuntamiento de la ciudad de Colima fundó la Procuraduría de Vecinos, que dio pauta al establecimiento de dicha figura en la Ley Orgánica Municipal de Colima del 8 de diciembre de 1984, siendo optativa su creación para los municipios de dicha entidad.

Por su parte, el 29 de mayo de 1985 la Universidad Nacional Autónoma de México estableció la Defensoría de los Derechos Universitarios, y en 1986 y 1987 se fundaron la Procuraduría para la Defensa del Indígena en el estado de Oaxaca y la Procuraduría Social de la Montaña en el estado de Guerrero, respectivamente. Más adelante, el 14 de agosto de 1988, se creó la Procuraduría de Protección Ciudadana del estado de Aguascalientes, figura prevista dentro de la Ley de Responsabilidades para Servidores Públicos. Meses después, el 22 de diciembre, se configuró la Defensoría de los Derechos de los Vecinos en el Municipio de Querétaro. Además, en la capital de la República el entonces Departamento del Distrito Federal estableció la Procuraduría Social el 25 de enero de 1989.

Respecto de los antecedentes directos de la CNDH, el 13 de febrero de 1989, dentro de la Secretaría de Gobernación, se creó la Dirección General de Derechos Humanos. Un año más tarde, el 6 de junio de 1990 nació por decreto presidencial una institución denominada Comisión Nacional de Derechos Humanos, constituyéndose como un Organismo desconcentrado de dicha Secretaría. Posteriormente, mediante una reforma publicada en el Diario Oficial de la Federación el 28 de enero de 1992, se adicionó el apartado B del artículo 102, elevando a la CNDH a rango constitucional y bajo la naturaleza jurídica de un Organismo descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propios, dándose de esta forma el surgimiento del llamado Sistema Nacional No Jurisdiccional de Protección de los Derechos Humanos.

Finalmente, por medio de una reforma constitucional, publicada en el Diario Oficial de la Federación el 13 de septiembre de 1999, dicho Organismo Nacional se constituyó como una Institución con plena autonomía de gestión y presupuestaria, modificándose la denominación de Comisión Nacional de Derechos Humanos por la de Comisión Nacional de los Derechos Humanos. Esta reforma constituye un gran avance en la función del Ombudsman en México, ya que le permite cumplir con su función de proteger y defender los Derechos Humanos de todos los mexicanos. Su actual titular es el doctor Raúl Plascencia Villanueva.